Stupanj do kojeg endogene tvari interferiraju s kemijskim analizatorima ovisi o tipu analizatora, metodi upotrebljenoj za detekciju analita i iznosu interferirajuće tvari u uzorku. Na kemijske rezultate mogu utjecati tri endogene interferirajuće stanja- - lipemija, hemoliza i žutica.

Lipemiju uzrokuje povećana razina triglicerida (hilomikroni ili lipoproteini veoma niske gustoće). Ona interferira s kemijskim testovima na nekoliko načina:

• Disperzijom svjetlosti – rezultati lažno povećani (npr. ukupni bilirubin)
• Pogrešnim mjerenjem volumena uzorka – lažno smanjenje vrijednosti nekih analita (elektroliti)
• Hemoliza – hemoliza eritrocita je povećana u prisutnosti lipemije

Hemoliza nastaje redovito zbog slabe tehnike venepunkcije, lipemije, smrzavanja uzorka pune krvi, zakašnjelog odvajanja seruma ili plazme od stanica ili zakašnjelog prijenosa uzorka. Hemolizu, međutim nalazimo in vivo i kod nekih tipova hemolitičke anemije

Žutica interferira sa nekim fotometrijskim određivanjima analita rezultirajući smanjenim analitičkim vrijednostima.

Monoklonski imunoglobulini, naročito kada su prisutni u visokoj koncentraciji, interferiraju s kemijskim analizama hiperviskoznošću, vezanjem za analite i pogrešnim mjerenjem volumena uzorka (lažno smanjenje koncentracije elektrolita kao kod lipemije).

Lijekovi mogu također interferirati s mjerenjem analita. Jedna od najčešćih interferencija lijekova u veterinarskoj medicini je lažno povećanje vrijednosti klorida u uzorku od psa na terapiji bromidom (antikonvulziv). Važno je znati da metronidazol smanjuje aktivnost transaminaza. Uvijek je razborito informirati laboratorij o bilo kojem lijeku koji pacijent dobiva, tako da učinak lijeka na kemijske testove može biti minimaliziran (ali redovito ne eliminiran