Zavod za Zoohigijenu osnovao je 11. studenog 1948. godine Komitet za sveučilišne i visoke škole NRH sa zadatkom da obavlja nastavu i istraživanje na području zoohigijene. Od 1. veljače 1995. godine naziv zavoda je promijenjen u Zavod za animalnu higijenu, okoliš i etologiju. Zavod je smješten u okviru kompleksa zgrada Veterinarskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu u Heinzelovoj 55. na drugom katu južnog krila treće zgrade nakon promjene tri lokacije unutar kompleksa.
Prvi predstojnik bio je prof. dr. Josip Ivoš, a zatim prof. dr. sc. Antun Asaj i prof. dr. sc. Boris Krsnik, prof. dr. sc. Marija Vučemilo, prof. dr. sc. Alenka Tofant. Sadašnju funkciju predstojnika obnaša prof. dr. sc. Marija Vučemilo.

Bivši i sadašnji zaposlenici zavoda

Prof. dr. sc. Josip Ivoš od 11. studenog 1948. do 30. lipnja 1983. godine
Prof. dr. sc. Antun Asaj od 01. prosinca 1954. do 30. rujna 1994. godine
Dr. sc. Hania Ciszek, od 01. prosinca 1956. do 30. lipnja 1983. godine
Dr. sc. Bara Vinković, od 01. siječnja 1978. do 02. travnja 1978. godine
Dr. sc. Ljubomir Marjanović, od 15. lipnja 1961. do 07. veljače 1974. godine
Dr. sc. Josip Narančić od 14. ožujka 1985. do 05. kolovoza 1991. godine
Mr. sc. Damir Nejedli, od 5. rujna 1991. do 28. veljače 1995. godine
Dr. sc. Rayane Yammine od 25 rujna 1991. do 31. prosinca 1997. godine
Prof. dr. sc. Boris Krsnik od 01. srpnja 1974. godine
Prof. dr. sc. Marija Vučemilo od 01. kolovoza 1972 godine
Prof. dr. sc. Alenka Tofant od 01. lipnja 1983. godine
Prof. dr. sc. Željko Pavičić od 13. lipnja 1995. godine
Znanstveni novak, dr. sc. Irena Petak, dipl. ing. biol. od 01. studenog 1998. do 31. listopada 2006. godine
Znanstveni novak, dr. sc. Suzana Hađina, dr. vet med. od 01. ožujka 2000. do 29. rujna 2006. godine
Znanstveni novak, mr. sc. Kristina Matković. dr. vet med. od 01. srpnja 2000 godine
Tehnički suradnici bili su Vinka Penović - Drageljević i Mira Spitzer. Sadašnji tehnički suradnik je Božena Jagodić. Pomoćni tehnički suradnici bili su Željko Preglej, Jelka Podkrajšek i Jelena Novaković. Sadašnji pomoćni tehnički suradnik je Ruža Žarko.

Dodiplomska nastava

Predmet Zoohigijena se po starom nastavnom planu i programu predavao u 9. semestru (4 sata predavanja + 4 sata vježbi) i u 10. semestru (4 sata predavanja i 4 sata vježbi). Zatim se prije uvođenja novog nastavnog programa pod nazivom Animalna higijena okoliš i etologija predavao u 7. semestru (3 sata predavanja i 2 sata vježbi) i 8. semestru (4 sata predavanja i 2 sata vježbi). Sadašnji kolegij Animalna higijena, okoliš i etologija se po novom nastavnom planu i programu za stjecanje stručnog naziva doktor veterinarske medicine predaje u 5. semestru (1 sat predavanja i 2 sata vježbi) i 6. semestru (2 sata predavanja, 2 sata vježbi i 1 sat seminara).
Sadašnja nastava prema integriranom prediplomskom i diplomskom studiju po Bolonjskom procesu teče od 2005. godine, a obuhvaća kolegije «Okoliš, vladanje i dobrobit životinja» i «Higijena i držanje životinja». «Okoliš, vladanje i dobrobit životinja» sluša se u 2. semestru (2 sata predavanja, 2 sata seminara i 2 sata vježbi). «Higijena i držanje životinja» sluša se u 3. i 4. semestru (2 sata predavanja, 2 sata seminara i 2 sata vježbi).

Poslijediplomska nastava

Na Zavodu se kontinuirano izvodi znanstveni poslijediplomski studij iz "Animalne higijene, okoliša i etologije" u dva smjera (magistar znanosti i doktor znanosti) i stručni poslijediplomski studij iz "Sanitacije" za stjecanje akademskog zvanja magistar. Voditelj znanstvenog poslijediplomskog studija je prof. dr. sc. Boris Krsnik, a stručnog poslijediplomskog studija prof. dr. sc. Marija Vučemilo. Od 2006. godine na fakultetu je jedinstveni doktorski studij iz veterinarskih znanosti koji traje 6. semestara. Na Zavodu je do sada magistriralo 70 polaznika i to iz "Animalne higijene, okoliša i etologije 20, te iz sanitacije 50. Doktorate znanosti postiglo je 30 kandidata.

Izborna nastava

Na Zavodu postoje izborni predmeti "Etologija i dobrobit životinja" (voditelj prof. dr. sc. Boris Krsnik) i "Golubarstvo" (voditelj doc. dr. sc. Željko Pavičić). Oba kolegija se slušaju u 8. semestru studija, a uvedena su akademske godine 2000/2001. Tijekom ak. godine 2000/2001 "Etologiju i dobrobit životinja" je upisalo 8 studenata, a "Golubarstvo" 40 studenata. Tijekom ak. godine 2001/2002 "Etologiju i dobrobit" je upisalo 20 studenata, a "Golubarstvo" 32 studenta. Tijekom ak. godine 2002/2003 "Etologiju i dobrobit" je upisalo 45 studenata, a "Golubarstvo" 23 studenta.

Znanstveni rad

Znanstveni rad u Zavodu tekao je programatski sustavno i sukladno s razvojem animalne higijene, okoliša i etologije u svijetu i u nas. Tematski su istraživani higijena smještaja i držanja domaćih životinja s obzirom na preventivu bolesti, prilagodbu, ponašanje, razmnožavanje i proizvodnju uz poseban osvrt na mikroklimu i poboljšanje smještaja. Slijede istraživanja iz područja higijene pitke vode, vodotoka, ribnjaka i otpadne animalne tvari. Proučavani su higijena transporta životinja i stresna stanja u životinja. Posebna pozornost obraćena je higijeni i medicinskoj sanitaciji. Ekološka pitanja iz okoliša u ruralnim sredinama, stočarskih farmi i objekata za preradu životinjskih proizvoda i njihovih otpadaka teme su iz animalne kontaminacije okoliša.
Zapažen je i doprinos stručnjaka Zavoda u okviru Međunarodnog udruženja animalnih higijeničara ISAH (International Society for Animal Hygiene): Stručnjaci Zavoda sudjelovali su od osnutka udruženja u svih 12 održanih svjetskih kongresa i simpozija. Drugi kongres udruženja održan je 1976. godine u Zagrebu. Sadašnji znanstveni projekti u Zavodu koji se financiraju od strane Ministarstva znanosti i tehnologije su "Utjecaj okoliša na zdravlje životinja i sigurnost  namirnica animalnog podrijetla" (053-0531854-1867) voditelj prof.dr.sc. Marija Vučemilo; "Utjecaj biotehnoloških postupaka na zdravlje, reprodukciju i dobrobit svinja" (053-0532265-2242) Voditelj projekta: prof. dr. sc. Željko Pavičić; Kakvoća vode i mjere sanitacije u ekološkoj proizvodnji namirnica (053-0531854-1865 ) Voditelj: prof. dr. sc. Alenka Tofant.

Stručni rad

Stručni rad u Zavodu tekao je usporedno sa znanstvenim i nastavnim radom. U prvo vrijeme rješavala su se pitanja higijene u velikim farmama, a kasnije usporedno i sve više na obiteljskim gospodarstvima. Težište je postavljeno na preventivu i suzbijanje zaraznih i drugih uvjetnih bolesti domaćih životinja.
Stručnjaci Zavoda na području animalne higijene, okoliša i etologije surađuju s Upravom za veterinarstvo pri Ministarstvu poljoprivrede i šumarstva, stručnim veterinarskim udruženjima, veterinarskim ustanovama, vodoprivrednim, ekološkim udrugama, prerađivačkim industrijama animalnih proizvoda, službama higijene i sanitacije humane medicine, proizvođačima i trgovinama sredstava i uređaja u području medicinske sanitacije te srodnim fakultetima u zemlji i inozemstvu.
Prof.dr.sc. Marija Vučemilo, prof.dr.sc. Željko Pavičić surađuju sa eminentnim časopisima iz poljoprivredne djelatnosti i kontinuirano objavljuju stručnje članke iz pojedinih područja veterinarske medicine.